Hondurasin eläinlajisto on uskomattoman rikas ja monipuolinen johtuen erilaisten elinympäristöjen runsaudesta. Maasta löytyy niin trooppista sademetsää, mangrovetiheikköjä kuin viidakkoa ja vuoristojen mäntymetsikköjä, puhumattakaan vedenalaisen luonnon ihmeistä.

Erilaisissa metsissä ja kansallispuistoissa elää yli 210 nisäkäslajia, mm. apinoita, leopardeja ja muurahaiskarhuja... Matelijoita ja anfibisia lajeja on yli 95. Niistä esimerkkeinä mainittakoon kaimaanit, iguaanit, korallikäärmeet, krokotiilit ja merikilpikonnat. Ei pidä myöskään unohtaa lintuja, sillä Hondurasissa voi tavata 715 trooppista lintulajia, jotka joko pesivät siellä tai pysähtyvät muuttomatkoillaan lepäämään ja ruokailemaan runsaan luonnon antimilla.

Kaiken kaikkiaan Hondurasissa on 90 luonnonsuojelualuetta, joilla pyritään takaamaan useiden uhanalaisten lajien, kuten manaatin, säilyminen ja lisääntyminen.

Honduras ihmeellisine eläimineen tarjoaa matkailijalle runsaasti unohtumattomia elämyksiä.